洱源县林业和草原局设六个内设机构：办公室、森林资源和草原管理股、计划财务股、行政审批股及执法监督股（加挂洱源县林政稽查队牌子）、生态保护修护及种苗管理站、自然保护地及湿地管理股。 
  (一)办公室。负责机关日常运转、直属单位的党群、干部人事、机关编制、劳动工资和干部教育培训工作。承担文秘、会务、安全、保密、信访、档案、政务公开工作。指导行业人才队伍建设工作。负责党的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设、廉政建设、反腐败和意识形态及其他相关工作。负责县林业和草原局各基层党组织的党群工作。 
  (二)森林资源和草原管理股。承担森林、荒漠、草原资源动态监测与评价工作。研究提出林业和草原发展规划并监督实施。拟订森林资源保护发展的政策措施，编制森林采伐限额，经上级林业主管部门批准后监督执行。承担林地有关管理工作，组织编制林地保护利用规划。指导编制森林经营规划和森林经营方案并监督实施，监督管理全县森林资源。负责森林旅游发展的规划、指导、监督和管理。指导草原保护工作，负责草原禁牧、草畜平衡和草原生态修复治理工作，组织实施草原生态保护修复工程。监督管理草原的合理用。负责森林和草原防火有关工作。 
  (三)计划财务股。建立林业和草原生态扶贫、相关生态补偿制度并组织实施。编制和组织实施部门预算。管理监督中央和省、州、县级林业和草原资金及相关项目实施。编制年度生产计划。监督管理机关和直属单位的国有资产、林业和草原合作项目资金。监督管理林业和草原行业会计核算工作。负责林业和草原经济运行分析，负责统计信息工作、资金使用的监管和检查、机关财务核算管理和直属单位计划财务监督管理工作。 
  (四)行政审批股及执法监督股(加挂洱源县林政稽查队牌子)。提出全县生态建设、林业和草原产业发展的综台性攻策建议。承担“放管服”改革有关工作，提出林业和草原规划与年度工作计划。承担其他有关法律事务。承担林业行政执法等工作。负责林业系统行政审批标准化、规范化建设和涉及行政审批的信息公开工作。承担林业行政审批事项的受理和审批工作。指导监督林木凭证采伐、运输。 
  (五)生态保护修复及种苗管理股。起草全县国土绿化方案，综合管理重点生态保护修复工程，指导植树造林、封山育林、退耕还林、林产业发展等工作。负责推进林业和草原改革和草原发展相关工作，拟订集体林权制度、国有林场、草原等重大改革意见，并组织实施。承担古树名木保护、林业和草原应对气候变化有关工作。指导林业有害生物防治、检疫、检验和预测预报。起草荒漠化防治、石漠化防治建设规划并监督实施。组织实施石漠化、荒漠化防治及低效林改造工程。负责全县林权流转管理服务工作，指导基层林业站的建设和管理。负责退耕还林还草、天然林资源保护工程、公益林保护、生态效益补偿有关工作。承担林木种子、草种管理工作，监督管理林木种子、草种生产经营行为。同时承担洱源县绿化委员会办公室日常事务。 
  (六)自然保护地及湿地管理股。监督管理各类自然保护地，提出新建、调整各类自然保护地的审核建议。组织实施各类自然保护地生态修复工作。承担湿地资源动态监测与评价工作，组织、协调、指导和监督湿地保护工作。组织实施湿地生态修复、生态补偿工作，管理重要湿地，监督管理湿地的开发利用。负责陆生野生动植物资源监督管理有关工作。